De acuerdo a lo señalado en la Ley Orgánica Constitucional de Municipalidades, a la unidad encargada del control le corresponde entre sus funciones: Realizar la auditoría operativa interna de la municipalidad, con el objeto de fiscalizar la legalidad de su actuación; Controlar la ejecución financiera y presupuestaria municipal; Representar al alcalde en los actos municipales que estime ilegales, informando de ello al concejo; Colaborar directamente con el concejo para el ejercicio de sus funciones fiscalizadoras; Asesorar al concejo en la definición y evaluación de la auditoría externa que se pueda requerir en virtud de esta ley; Realizar, con la periodicidad que determine el reglamento señalado en el artículo 92, una presentación en sesión de comisión del concejo, destinada a que sus miembros puedan formular consultas referidas al cumplimiento de las funciones que le competen.

De la Dirección de Control Interno dependen el Departamento de Auditoría y el Departamento de Control Legal y Administrativo.